Diplomātiskās attiecības starp Latvijas Republiku un Neatkarīgo Maltas Ordeni tika nodibinātas 1995. gadā.

1999. gadā Valsts prezidents Guntis Ulmanis piedalījās Maltas Ordeņa dibināšanas 900 gadu jubilejas svinībās Romā, kas bija viens no pirmajiem kontaktiem pēc diplomātisko attiecību nodibināšanas.

Turpmākajos gados divpusējais dialogs turpināja attīstīties, 2004. gada 24. maijā Latvijā viesojās toreizējais Maltas Ordeņa Lielhospitaljers (veselības ministrs) Albrehts fon Bēzelāgers, apliecinot kopīgo interesi stiprināt sadarbību, īpaši humanitārajā jomā.

2007. gadā toreizējais Maltas Ordeņa Lielmestrs Fra’ Endrjū Bērtijs Latvijas ārlietu ministru Arti Pabriku uzņēma maģistrālajā pilī. Gadu vēlāk, no 2008. gada 28. līdz 31. oktobrim, Lielmestrs Fra’ Metjū Festings oficiāli apmeklēja Latviju – Maltas Ordeņa divpusējās attiecības ar Latviju un sadarbības attīstība sociālajā un veselības aprūpes jomā bija galvenie sarunu temati ar Republikas prezidentu Valdi Zatleru Rīgas pilī. Pēc tam Lielmestrs un viņa delegācija tikās, cita starpā, ar labklājības ministri Ivetu Purni un tika parakstīts saprašanās memorands par sadarbības veicināšanu starp Ordeni un Latviju.

Apliecinot abu pušu dialoga nepārtrauktību, 2010. gada 15. septembrī Romā Latvijas ārlietu ministrs Aivis Ronis tikās ar Ordeņa Lielkomturu Gerardo Hercolani Favu Simonetti.

2021. gada 11. maijā Latvijas Republikas Valsts prezidentu Egilu Levitu uzņēma Lielmestra Fra’ Marko Lucago leitnants un Lielkanclera Albrehta fon Bēzelāgera lietvedis. Tikšanās, kas apliecināja Latvijas un Neatkarīgā Maltas Ordeņa lieliskās attiecības, notika maģistrālajā villā, Romā. Tika parakstīta nodomu deklarācija, kurā puses apņēmās turpināt attīstīt sadarbību humanitārajā, sociālajā, izglītības un kultūras jomā, kā arī veicināt pasta pakalpojumu partnerību. To parakstīja Latvijas Republikas Ministru prezidenta vietnieks un tieslietu ministrs Jānis Bordāns un Lielkanclers Albrehts fon Bēzelāgers.

2024. gada 17. maijā Latvijas prezidents Edgars Rinkēvičs, kurš pirmo reizi apmeklēja Ordeni 2022. gada martā kā ārlietu ministrs, vēlreiz oficiāli apmeklēja Ordeņa Lielmestru Fra’ Džonu Danlapu. Tikšanās laikā viņš pateicās Maltas Ordenim par tā veiktajām daudzajām sociālajām aktivitātēm valstī.

2025. gada septembrī Apvienoto Nāciju Organizācijas Ģenerālās asamblejas ietvaros Ņujorkā Lielkanclers Rikardo Paterno di Montekupo un Latvijas ārlietu ministre Baiba Braže rīkoja divpusēju tikšanos, kurā galvenā uzmanība tika pievērsta konfliktam Ukrainā un Ordeņa intervencei tā norises vietā. Abi bija vienisprātis, ka ir svarīgi turpināt stiprināt divpusējās attiecības, noslēdzot sadarbības līgumu un veicinot Maltas Ordeņa īstenotās sociālās ietekmes iniciatīvas Latvijā.